Résumé Cet article s'attache à analyser la spécificité et les mécanismes de l'autonomie institutionnelle des médersas de Tombouctou, sous le règne de la dynastie songhay des Askia. Il interroge notamment les différents leviers qu’elles ont mobilisés pour négocier et préserver leur indépendance. Exploitant les Tarikhs de Tombouctou et quelques synthèses anthropologiques sur l’éducation en Islam, ce texte révèle que l'accession au pouvoir d'Askia Mohammed 1er a inversé les rapports de pouvoir entre l’empereur et les Oulémas. Sa soumission volontaire au Cadi de Tombouctou leur conféra, en effet, un contrôle exclusif de leurs médersas. Cette autorité, soutenue par un modèle économique endogène et une protection juridique intangible, assura ainsi à ces établissements une indépendance institutionnelle inédite au sein d’un empire pourtant fortement centralisé. Mots-clés : Autonomie – Askia – Médersa – Oulémas – Tombouctou Abstract This article analyzes the specific nature and mechanisms of the institutional autonomy of the medersas of Timbuktu during the reign of the Songhay Askiya dynasty. In particular, it examines the various levers they used to negotiate and preserve their independence. Using the Tarikhs of Timbuktu and some anthropological syntheses on education in Islam, this text reveals that Askiya Muhammad 1st's accession to power reversed the power relations between the emperor and the ulama. His voluntary submission to the qadi of Timbuktu gave them exclusive control over their medersas. This authority, backed by an endogenous economic model and intangible legal protection, gave these establishments an unprecedented level of institutional independence within a highly centralized empire. Keywords : Autonomy - Askiya - Medersa - Ulamas - Timbuktu